Mateos Inhaftierung nimmt keinen Einfluss auf seinen weiteren Werdegang, so dass er nach der Entlassung seine vorherige Beschäftigung wieder aufnehmen kann.

Im Februar erhält er den Auftrag die Arbeitsbedingungen der Galeerenhäftlinge und die Verwaltung in den Minen von Almadén zu inspizieren, welche die Augsburger Kaufmannsfamilie Fugger von der spanischen Krone gepachtet hatte. Seine Untersuchungen bringen die katastrophalen Konditionen der Zwangsarbeiter sowie einige Verwaltungsunstimmigkeiten zu Tage, bleiben jedoch ohne Konsequenzen, da die Fugger ihren Einfluss geltend machen. Die Ergebnisse dieser Investigationen wurden von Mateo unter dem Titel Información secreta zusammengefasst, jedoch nie von ihm veröffentlicht. Germán Bleiberg editierte das Dokument später unter dem Titel El informe secreto.

Nach langjährigem Arbeitsverhältnis gibt er seine Beschäftigung in der Administration bei Philipp II auf und widmet sich dem Verfassen literarischer Texte: er beginnt mit der Arbeit an seinem Hauptwerk Guzmán de Alfarache, welches er 1597 vollendet und verfasst nebenher einige kleinere Schriftstücke, wie z.B. ein Vorwort zu den Proverbios morales seines Freundes Alonso de Barros.

Der erste Teil des Guzmán de Alfarache wird in Madrid gedruckt und noch im gleichen Jahr veröffentlicht.

1600

Bereits ein Jahr später erscheint auf Grund des großen Erfolges eine zweite Ausgabe des Schelmenromans. Doch trotz der hohen Verkaufszahlen und obwohl Alemáns Werk schon bald in halb Europa sowie in der Neuen Welt gelesen wurde, blieb der finanzielle Gewinn des Schriftstellers gering.